行政院環境保護署監測及資訊處 91 年起統籌辦理全國環境水體水質監測業務，採樣作業均以行政院環境保護署環境檢驗所公告「河川、湖泊及水庫水質採樣通則」（NIEA W104.51C）、「監測井地下水採樣方法」（NIEA W103.54B）、「水質檢測方法總則」（NIEA W102.51C）為基本規範，前述通案規範未涵蓋部分，行政院環境保護署環境監測及資訊處依據監測目的需求訂定「行政院環境保護署環境水質監測採樣作業指引」。訂定水質採樣作業流程的目的，在於提供相關單位執行採樣作業時，能有一個標準作業程序可資依循，以取得具有代表性之樣品，達到採樣作業之預期成果。一個完整的採樣程序，應從資料蒐集開始到樣品運送回實驗室為止，其流程及工作內容如下所示 :
原有採樣點之工作流程及內容
採樣前準備
採樣單位應根據採樣計畫所擬定之事項進行準備，並於採樣出發前召開行前會議以分配工作，並做最後之設備點清。
現場採樣作業
針對現場採樣器材、技術、現場檢測程序、作業安全考量做一描述，並提出現場採樣紀錄標準格式。
採樣品保品管作業
採樣作業應有完善之品保品管作業，如此才能確保所採之水樣具代表性。
新設採樣點之工作流程及內容
資料蒐集
資料蒐集之目的，在於對採樣水體做一背景了解，包括水體地理位置、氣候、水文及歷年水質資料之蒐集。
現場初勘
現場初勘之目的，除了對現場狀況做實地了解之外，最重要的還是要確定採樣位置。採樣單位於初步了解監測站網之配置後，便需至現場勘查並將確切之位置標示出來，以利未來採樣人員之辨認。
擬定採樣計畫
採樣單位進行現場採樣前，需事先規劃採樣時程、交通、人員安排、採樣設備等事宜。
採樣前準備
採樣單位應根據採樣計畫所擬定之事項進行準備，並於採樣出發前召開行前會議以分配工作，並做最後之設備點清。
現場採樣作業
針對現場採樣器材、技術、現場檢測程序、作業安全考量做一描述，並提出現場採樣紀錄標準格式。
採樣品保品管作業
採樣作業應有完善之品保品管作業，如此才能確保所採之水樣具代表性。