監測作業
本監測作業執行包括了河川、水庫、地下水、海域、海灘等採樣檢測工作，而為使監測作業能正確並完整的呈現出水體現況，水體採集樣品之品保品管作業就相當重要。
以下就水體之採樣、保存/運送、檢測方法之流程、注意事項及分析方法詳加說明:
| 採樣程序及工作內容流程 |
| 資料收集 |
1.地理環境資料 2.氣象水文資料 3.相關水質資料 |
| 現場初勘 |
1.現場初勘紀錄 2.選定採樣位置 3.描繪採樣位置 4.取得照片紀錄 |
| 擬定採樣計畫 |
1.擬定採樣期程 2.安排工作人員 3.安排交通工具 4.選定採樣裝備 |
| 採樣前準備 |
1.採樣裝備 2.採樣前會議 3.行前檢查 |
| 現場採樣作業 |
1.確認採樣位置 2.採樣器及採樣技術 3.現場檢測程序 4.採樣注意事項 5.現場採樣紀錄 6.作業安全考量 |
| 採樣品保管作業 |
1.儀器測量注意事項 2.採樣人員之訓練 3.樣品污染之預防 4.品管樣品之準備 5.樣品保存與運送 |
採樣
訂定水質採樣作業流程的目的，在於提供相關單位執行採樣作業時，能有一個標準作業程序可資依循，以取得具有代表性之樣品，達到採樣作業之預期成果。一個完整的採樣程序，應從資料蒐集開始到樣品運送回實驗室為止，其流程及工作內容如下所示 :
新設採樣點之工作流程及內容:
(一) 資料蒐集
資料蒐集之目的，在於對採樣水體做一背景了解，包括水體地理位置、氣候、水文及歷年水質資料之蒐集。
(二) 現場初勘
現場初勘之目的，除了對現場狀況做實地了解之外，最重要的還是要確定採樣位置。採樣單位於初步了解監測站網之配置後，便需至現場勘查並將確切之位置標示出來，以利未來採樣人員之辨認。
(三) 擬定採樣計畫
採樣單位進行現場採樣前，需事先規劃採樣時程、交通、人員安排、採樣設備等事宜。
(四) 採樣前準備
採樣單位應根據採樣計畫所擬定之事項進行準備，並於採樣出發前召開行前會議以分配工作，並做最後之設備點清。
(五) 現場採樣作業
針對現場採樣器材、技術、現場檢測程序、作業安全考量做一描述，並提出現場採樣紀錄標準格式。
(六) 採樣品保品管作業
採樣作業應有完善之品保品管作業，如此才能確保所採之水樣具代表性。
原有採樣點之工作流程及內容:
(一) 採樣前準備
採樣單位應根據採樣計畫所擬定之事項進行準備，並於採樣出發前召開行前會議以分配工作，並做最後之設備點清。
(二) 現場採樣作業
針對現場採樣器材、技術、現場檢測程序、作業安全考量做一描述，並提出現場採樣紀錄標準格式。
(三) 採樣品保品管作業
採樣作業應有完善之品保品管作業，如此才能確保所採之水樣具代表性。
保存/運送
(一) 樣品保存
樣品原則上採立即分裝保存方式處理。即採樣人員於採樣完成後，即進行現場樣品分裝作業，並於樣品分裝後，將依照樣品瓶組上之標籤說明規定，立即進行加藥保存。加藥保存後之樣品置於冰櫃中冷藏。
(二) 樣品運送
採樣負責人於每日採樣作業完成後，需仔細清點檢查樣品無誤後，依各單位所負責分析之樣品分別包裝好，置入攝氏4度以下之冷藏櫃中，同時亦需檢查與填寫採樣紀錄與樣品監控表。採樣紀錄與樣品監控表及現場測試結果表需以塑膠夾鏈袋裝好，伴隨整批樣品立即以採樣車或快遞當日運回分析實驗室，以進行樣品之分析。若因連續作業關係而無法立即將當日樣品運回實驗室時，所採樣品必須按規定保存冷藏，等採樣作業完成後再立即將所有樣品運回實驗室。採樣負責人與樣品運送人員需特別注意所有樣品於運抵實驗室之時間，以確保樣品皆能達到保存期限要求。
檢測方法
參與執行本計畫監測的各個實驗室，主要依據行政院環保署公告的檢測方法與APHA (Standard Methods)最新版檢測方法，執行相關類別之各項水質檢測分析工作。
有關目前各項檢驗方法，可參照行政院環境保護署環境檢測所之公告。